ため池の多くは、川の氾濫原を利用したり谷川をせき止めたり、その水を引き込んで作られています。そのため、ため池で見られる魚は、川の淀みや植物の茂みの中で生活している魚と共通しています。また、水草の繁茂する皿池では、夏季の早朝に溶存酸素濃度が低下し、日中には水温が30℃を超えるような環境となります。そのような池では生息できる魚種が限られてしまいます。
ため池の魚で、最もよく知られているのはフナ（ギンブナ）、メダカ、ドジョウです。メダカやドジョウは、以前には水田や用水路でも普通に見られた魚ですが、ほ場整備や水路の改修などにより、平野部からは姿を消しつつあります。しかし、ため池ではまだその姿を見ることができます。

卵を腹に付けたメダカのメス

最近では滅多に見かけなくなったドジョウ

兵庫県のため池を代表する魚は、外来種を除けばモツゴとカワバタモロコです。この2種は用水路などでも見られますが、むしろ池で多く見られ、ため池という環境に最もよく適応し、繁栄してきた魚です。
かつては各地のため池で見ることのできたカワバタモロコは、ブラックバスなどの肉食性外来魚の無秩序な放流によって、多くの池から姿を消してしまいました。今では、車で近寄ることのできない山の中の小池などに、細々と生き残っているだけです。

絶滅が心配されるカワバタモロコ

ため池を代表する魚のモツゴ

ため池と川に生息するタモロコ

谷池でよく見られるのがヨシノボリとドンコです。ともにハゼ科の魚で、水底で生活しています。ため池のヨシノボリは、産卵時に海に下るヨシノボリの仲間の陸封型（陸水で一生を過ごすようになったタイプ）と考えられ、現在分類学的な研究が進んでいます。ドンコは大きな口を持つ肉食魚で、水底に潜んで小魚やエビなどを捕らえて食べます。

ヨシノボリの湖沼陸封型の一種と見られるため池のトウヨシノボリ

大食漢ながら、どこか憎めない存在のドンコ